Daha önce Novell gibi Linux dağıtıcıları ve son zamanlarda da Linspire'ın Microsoft'la anlaşmasından sonra, Ubuntu ile Microsoft arasında benzer görüşmelerin yürütüldüğü söylentileriyle ilgili Mark Shuttleworth web günlüğünde yorum yaptı. Shuttleworth, patent ihlali iddialarıyla ilgili bahsi geçen anlaşmalarla ilgilenmediklerini belirtiyor.

Microsoft, çeşitli Linux dağıtımlarında sahip olduğu patentlerden kaynaklanan haklarını ihlal eden bileşenler olduğunu iddia ediyor, ancak bunlarla ilgili net açıklamalar yapmıyor. Diğer taraftansa bazı Linux dağıtıcılarıyla lisans anlaşmaları yapmakta. En son örneği Linspire ile duyulan bu anlaşmaların genel biçimi, Microsoft'a ait bazı teknolojilerin kullanım hakkı ve kullanıcıların Microsoft'un açabileceği yasadışı kullanım davalarına karşı korunması şeklinde. Ubuntu'da standart kurulumda serbest yazılım olmayan herhangi bir bileşen kurulmuyor, kullanıcı isterse yasal sorunlar yaşayabileceğine dair bir uyarıyı okudukan sonra bu bileşenleri kurabiliyor.